Eurystheus hoảng sợ trước người em họ anh dũng cảm của mình và trốn sau cánh cửa nhà kho khi thấy Hercules trở về với con sư tử ở Nemea trên vai. Từ chỗ ẩn nấp, nhà vua lại đưa ra cho chàng một nhiệm vụ mới. Hercules phải tìm và diệt trừ con rắn Hydra (thần thoại) khổng lồ có nhiều đầu. Nó có 17 cái đầu. Nhưng khi có một cái đầu bị đánh gục hay bị chặt đứt, thì ngay lập tức từ chỗ bị đứt sẽ mọc lên hai cái đầu mới.

Điều tồi tệ hơn cả là việc hơi thở của con Hydra có thể làm chết người. Ngay cả việc ngửi thấy mùi hôi thối của nó cũng đủ làm chết một người bình thường.

May thay, Hercules không phải là một phàm nhân. Chàng tìm thấy hang ổ của con Hydra và làm cho nó phải ngoi lên bằng những mũi tên rực lửa. Trận ác đấu diễn ra với lợi thế thuộc về con Hydra. Nó dùng những cái đầu quấn chặt lấy Hercules và cố làm cho chàng ngã. Nó gọi đồng minh của mình là một cây táo dại cũng sống trong đàm lầy. Cây táo đập vào chân Hercules và ngăn không cho chàng tấn công. Hercules đã ở bên bờ của sự thất bại thì chợt nhớ đến người cháu Iolaus, con trai của người em sinh đôi Iphicles.

Iolaus, người đã đưa Hercules đến Lerna bằng xe ngựa, đầy lo lắng khi thấy chú của mình vướng vào những cái đầu của con Hydra. Chắc rằng Hercules không thể chịu đựng thêm được nữa, đáp lại những tiếng thét của chú mình, Iolaus vội chụp lấy cây đuốc, châm lên rồi lao vào cuộc chiến. Giờ đây, khi Hercules vừa chặt đứt một cái đầu của con Hydra, thì lập tức Iolaus có mặt và đốt cháy nơi cổ vừa đứt khiến cho những cái đầu không thể mọc lại được. Hercules chặt từng cái đầu một trong khi Iolaus đốt cháy những nơi vừa bị chặt. Cuối cùng Hercules chặt đứt cái đầu ở chính giữa được cho là bất tử và chôn sâu xuống đất phía dưới tảng đá hình đầu chó như lời truyền thuyết và dằn một tảng đá lên trên. Sau đó Hercules nhúng đầu những mũi tên của chàng vào dòng máu độc của con rắn. Nếu những mũi tên của chàng bắn trúng người nào thì người đó sẽ chết ngay lập tức.